Una de las críticas más recurrentes se centra en su postura conservadora y activismo proporcionado, especialmente la férrea oposición de García Elorrio a la ley de aborto legal en Argentina. Sus denuncias judiciales contra la implementación de esta ley en Córdoba han sido objeto de controversia, y opositores lo acusan de obstaculizar avances en derechos reproductivos y de usar causas sensibles para buscar rédito político. Además, García Elorrio ha denunciado irregularidades en el sistema judicial provincial, llegando a afirmar que «Córdoba está institucionalmente podrida», lo que ha generado rechazo en sectores que consideran que estas denuncias se polarizan sin aportar soluciones concretas.
Desde otras fuerzas políticas, Encuentro por la República es señalado por tener un discurso que no logra conectarse con una ciudadanía que demanda respuestas más pragmáticas y contundentes, especialmente en materia económica y social. Se les critica que proponen consensos políticos pero sin una agenda concreta para aliviar la crisis económica y social que atraviesa el país. En el plano legislativo, algunos sectores opositores consideran que este espacio tiene poca incidencia real y que sus propuestas son poco claras o insuficientes para enfrentar los desafíos nacionales.
Aurelio García Elorrio también ha sido criticado por su estilo confrontativo, por ejemplo, en su enfrentamiento con figuras políticas provinciales y nacionales, con denuncias públicas e intervenciones mediáticas que a veces son vistas como polarizadoras. Su postura en temas como narcotráfico, justicia y salud es valorada en algunos sectores, pero en otros genera rechazo por la tensión política que genera.
En resumen, las críticas opositoras hacia el Encuentro por la República y García Elorrio se basan en la percepción de que su discurso es mayormente conservador y polarizante, con una estrategia de denuncia más que de propuesta, y con poca conexión con las demandas sociales urgentes. Esto plantea un desafío para que el espacio pueda ampliar su base y ofrecer soluciones concretas a la crisis actual, más allá del activismo judicial y la defensa de los valores tradicionales.